Hola diegomech23
La forma en que influye es cuantas muestras puedes adquirir por canal por segundo. Mira esta liga de otro foro donde lo explican un poco mas.
http://forums.ni.com/t5/Multifunction-DAQ/What-is-the-unit-kS-s-stand-for/td-p/18988
La diferencia entre ambos son que uno adquiere muestras, datos del ambiente,u otra medicion. Mientras que el otro es la tasa de transferencia, es decir, la velocidad a la cual se puede transmitir bits.
http://es.wikipedia.org/wiki/Tasa_de_bits
Saludos
Julio Mena