こんにちは。
まず、ディスカッションフォーラムはLabVIEW や NI 製品についてユーザーが情報を共有しあう、もしくはアドバイスをするといった場ですので、
自動ステージについてはメーカー(Sigma Koki 社)に直接連絡した方が早いかもしれません。
上記をふまえた上で、下記の内容について調べてみてください。
・そもそも正弦波で移動させたいというのは、速度の変化を正弦波の値で実現したいのか、それとも位置の変化を正弦波の値で実現したいのでしょうか。
速度入力が目的あれば、速度を少しずつ別の値に変化させて実現できるかと。位置入力が目的であれば、位置入力用のコマンドを探してみてください。
速度入力が可能なステージであれば、位置入力もできるとおもいます。
・添付されたVI は自動ステージにコマンドを送るサブVI が使用されていたので、そのサブVIが保存されているフォルダなどを見てみれば、
正弦波移動用のコマンドを送るサブVIがあるかもしれません